Ce manga raconte les aventures de plusieurs Transparents : un interne se rêvant chirurgien, une jeune joueuse de shôgi, un petit garçon porté disparu, un Transparent tombant amoureux de la personne chargée de le surveiller.
Un Transparent est une personne victime d'un mal étrange : tout être présent dans son entourage est capable d'en "entendre" les moindres pensées. Les Transparents n'ont donc aucune intimité, et pourraient en souffrir cruellement s'ils en prenaient conscience, car ils ne se savent pas Transparent à moins qu'on le leur dise.
En raison des talents et des caractéristiques exceptionnelles de ces individus, véritables Einstein en puissance, le gouvernement a décidé d'agir et a voté une loi obligeant la population tout entière à faire comme si elle était "sourde", pour protéger l'intégrité de ces trésors nationaux. Il suffit en effet qu'un Transparent découvre qu'il en est un pour sombrer irrémédiablement dans la folie, ou pire, mettre fin à ses jours. Un comité chargé de leur surveillance permanente a été mis sur pied. Ses agents secrets suivent et surveillent chaque Transparent 24 heures sur 24.