Un an s'est passé depuis la mort de Treize ; les Gundam ont été mis à la retraite, et leurs pilotes ont pris des chemins différents. Tandis que les nations unifiés de la Terre et des Colonies savourent leur paix durement gagnée, un groupe prépare sa conquête des Colonies, conduit par Marie-Miya Barton, qui dit être la fille de Treize. C'est le même groupe qui serait, à l'origine, les commanditaires des Gundam, mais les 5 scientifiques leur avaient alors désobéi, et ignoré leurs ordres.