Le train qui ramène Téru est ses camarades de classe d'une sortie scolaire déraille dans un tunnel, seuls trois étudiants, Téru, Ako et Nobuo survivent. Après une cohabitation difficile avec Nobuo, gagné par la folie, Téru et Ako parviennent à sortir du tunnel et s'aperçoivent que leur accident est dû à une catastrophe généralisée, dont l'origine est mystérieuse.
Ils entament alors un difficile périple à travers un Japon dévasté pour regagner Tokyo. En chemin, ils croisent, entre autres, un groupe d'enfants errants, des membres d'une escouade héliportée de l'armée commandée par le capitaine Nimura et des êtres étranges, au crane recouvert de cicatrices. Dans un pays qui a sombré dans le chaos, la folie guette, omniprésente.
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