Aux prises avec les Nova, des créatures venues d'une autre dimensions, l'humanité ne doit son salut qu'au courage des Pandora, de jeunes guerrières surentraînées et équipées d'armes révolutionnaires. L'une d'elles a marqué à tout jamais l'histoire de ce corps d'élite, en le propulsant dans une nouvelle ère. Son nom : Aoï Kazuha, la "Pandora légendaire". Kazuya est encore un petit garçon, et Kim Yumi est à la tête des fameuses Numbers.