L'université Saint Kleio est très spéciale avec ses élèves, qui sont tous des clones de personnages historiques, de Napoléon à Mozart, en passant par Freud et Elisabeth 1er. Tous sauf un, Shiro Kamiya, qui s'adapte à l'univers du campus tant bien que mal, et qui se retrouve mêlé à un meurtre, celui du clone de John Fitzgerald Kennedy.