Après des études de magie au fin fond des montagnes du pays de Galles, Negi, jeune garçon de dix ans, est affecté comme enseignant dans un établissement scolaire au Japon. Afin de devenir un grand magicien comme son père, il est prêt à tout! Il doit assumer d'immenses responsabilités en devenant le professeur principal d'une classe de 31 élèves, composée exclusivement de filles. Comble de malheur, un vampire et un robot font partie des élèves ! Rapidement, Negi plonge dans des aventures aussi étranges que fantastiques.