L'empire de Britannia a envahi le Japon, qui est devenu l'Area 11 et ses habitants sont connus en tant qu'eleven, des autochones en dessous des citoyens de Britannia. Lycéen, Lelouch est un élève très intelligent passé maître dans le jeu des échecs. Il garde secrète sa véritable identité et sa parenté avec l'empereur de Britannia, qu'il déteste. Son ami d'enfance Suzaku, ne rafole pas non plus des manière des occupants du Japon, mais il préfère mener une lutte de l'intérieur et intègre leur armée. Un jour, Lelouch se trouve au milieu d'une opération militaire, où il découvre une jeune fille qui lui donne le Geass, un pouvoir qui lui permet de contrôler n'importe qui.