Misaki et son père prennent un nuveau départ et emménagent à Hohoro, la ville natale de sa mère disparue depuis plusieurs années maintenant. A la mort du Docteur Ôtori, ils ont hérité de la maison. Misaki. Un soir, alors qu'elle rentre de l'école avec une de ses nouvelles amies, elle tombe sur Nio, une créature bizarre. Ce dernier a la propriété de se transformer en petit garçon quand on l'embrasse, et de reprendre sa nature d'origine quand il rentre en contact avec de l'eau. Misaki décide de l'adopter et petit à petit, à contact, la jeune fille retrouve des bribes de souvenirs de sa petite enfance, des souvenirs qu'elle avait laissés enfouis dans sa mémoire.