La jeune Haruhi Suzumiya, est pour le moins atypique. Dès la rentrée, elle annonce la couleur à sa nouvelle classe: "Les humains ne m'intéressent pas. Je suis à la recherche d'extraterrestres, de voyageurs du futur, de gens dotés de pouvoirs surnaturels. Si vous en connaissez, venez me voir !". Elle prend son rôle très au sérieux et a mis en place la Brigade S.O.S. en engageant de force Kyon, un honnête garçon qui suit les caprices d'une jolie fille déjantée.