Suite directe de Dog, Dog - Bullets & Carnage poursuit le récit du parcours des principaux protagonistes. Badô, en prise avec la mafia, tombe sur des enfants perdus, des sujet d'expérimentation génétiques et il doit son salut in extremis grâce à l'intervention de son ami Haine. Heine est ensuite mise dans un situation inconfortable à cause de l'arrivée de Giovanni, un être mystérieux fortement lié à son passé. Pendant ce temps, Naoto poursuit sa chasse à l'homme pour retrouver le tueur qui porte le même sabre qu'elle.