La situation est redevenue à peu près normale au lycée Jindai après les événements du volet précédent. Sagara Sôsuke continue à assurer la protection de Chidori Kaname, la jeune prodige. Ses collègues, Kurz et Mao sont en mission secrète pour capturer un traître mais ils sont empêtrés dans les difficultés et Sôsuke va devoir les aider.