Natsume voit des yôkai depuis sa plus tendre enfance. Son existence qui n'avait rien d'ordinaire le devient encore moins lorsque les yôkai se mettent à le traquer sans relâche parce qu'il a hérité d'un étrange carnet dans les affaires de sa grand-mère, un livre qui lui permet d'avoir la main mise sur les yôkai inscrits dedans, de quoi susciter bien des convoitises.