Dans un Japon mi-médiéval, mi-futuriste, des extraterrestres, les Amanto débarquent sur Terre. Forts de leur supériorité technologique, ils imposent leur loi, notamment tout samouraï doit se défaire de son sabre et c'en est donc fini de l'âme du guerrier samouraï. Cependant, c'est sans compter Gintoki Sakata. Armé de son sabre d'entraînement, il se place en dernier défenseur du Bushido, le code du samouraï, accompagné de son humour cinglant lors de ses missions délirantes.